Contratado pelo Atlético em 2020, Alan Franco demorou para se firmar na equipe alvinegra, tendo sido até emprestado em duas oportunidades. Neste ano, entretanto, o volante foi peça importante no time titular do Galo.
Somando toda a temporada, Alan Franco fez 51 jogos. O número representa um recorde na carreira do equatoriano de 26 anos.
Antes de 2024, a temporada em que ele havia disputado mais partidas tinha sido 2019, pelo Independiente del Valle, quando entrou em campo em 37 ocasiões. A quantidade de confrontos que Alan Franco participou neste ano é maior até que o registrado pelo jogador no primeiro biênio de Atlético.
Em 2020, Franco participou de 33 jogos e marcou três gols. No ano seguinte, foram mais quinze duelos, dessa vez sem balançar as redes. Totalizando, assim, 48 partidas em dois anos.
Alan Franco deixou o Atlético em 2022
Em 2022, Alan Franco, que já havia sido pouco utilizado na temporada anterior, foi emprestado ao Charlotte FC. Após somente 11 partidas pelo time estadunidense, foi repassado ao Talleres, da Argentina, também por empréstimo.
Ele permaneceu no clube argentino até o segundo semestre de 2023, quando retornou ao Atlético. Foram mais 15 partidas pelo Galo naquela temporada